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2025年度バイオインフォマティクス川柳・第四週目優秀作品

先週は構造バイオインフォマティクスを学びました。これまで配列を扱ってきましたが、生体分子は実際には立体構造を形成することで機能を発揮します。DNAは二重らせん、RNAはtRNAやrRNAのような複雑な折れたたみ構造をとり、タンパク質はアミノ酸配列が折り畳まれて三次元構造を形成することで、酵素や転写因子といった多様な機能を果たします。翻訳されたポリペプチド鎖は速やかに局所的な二次構造（αヘリックスやβストランド）を形成し、それらがさらに組み合わさることで高次の構造を作り上げます。しかし、一次元の配列と異なり三次元構造の比較ははるかに複雑です。そのため解析では、アミノ酸の主鎖にあるキラル炭素や、核酸であればリン酸骨格や塩基の位置といった特徴点を基準にします。また、膨大な情報量を効率よく扱うため、タンパク質では二次構造をベクトル化して比較する手法も用いられています。さらに、講義ではラマチャンドランプロットによる二面角の分布解析や、PDB（Protein Data Bank）を利用した立体構造データの参照について学びました。構造比較の際には、α炭素

2025年度バイオインフォマティクス川柳・第三週目優秀作品

先週は配列解析の2回目として、多重配列比較(マルチプルシーケンスアラインメント)を学びました。初回のペアワイズアラインメントでは、二つの配列間で一致している部分を最大化するようにギャップを挿入し、スコアを計算しました。複数配列の場合も基本的には同じですが、比較する配列が3本、4本と増えるごとに計算量は指数関数的に増大します。そのため、すべての組み合わせを網羅的に計算するのは現実的ではなく、累進法や逐次改善法といった効率化のアルゴリズムが使われます。さらに、アラインメントを評価する指標としてSPスコア(Sum-of-Pairs)を学びました。これは、すべての配列ペアのスコアを合計して全体の整列の良さを測る方法です。ただし、近縁の配列ばかりが多いとスコアが偏ってしまうため、進化距離による重み付けを行い、遠縁の配列も適切に評価できるように工夫されています。また、マルチプルアラインメントを通して得られる保存領域やモチーフは、機能に関わる重要なアミノ酸残基の発見や進化系統樹の推定にも役立ちます。講義ではClustalOmegaを用いた配列比較例を通し

森上さん、お誕生日おめでとう！Happy Birthday, Mai!

今日は森上さんのお誕生日をお祝いしました。 B４の相根さんからは、フォションの紅茶リキュールをプレゼントされました。香り豊かな一杯と共に心地よい夜のひとときを楽しめそうですね。私は、スイーツ好きの森上さんのために、さつま芋がたっぷり使ったパウンドケーキを焼きました。生地にさつま芋ペーストを練り込み、さらに甘く煮たさつま芋をごろごろと加えています。トッピングには全粒粉のクランブルを散らし、仕上げに粉砂糖でデコレーションしました。しっとりしたケーキ生地に、ほくほくとしたさつまいもの食感、そしてクッキーのように香ばしいクランブルが絶妙に組み合わさり、とてもおいしく仕上がりました。森上さん、お誕生日おめでとう！ Happy Birthday, Mai!