本日は夏休み明け最初のゼミということで、尾崎くんと韓くんの誕生日をお祝いしました。 まずはプレゼントからです。 尾崎くんはおしゃれなものが好きとのことで、韓くんがいろいろと調べながら、見た目にも楽しめて、なおかつ中身もしっかりとしたものを選んでくれました。 包みを開けてみると、一見するとハードカバーの本と小さな文庫本がケースに収められているように見えます。しかし、実はその中身は色鮮やかなチョコレート。見た目だけでは中身が分からない、なかなかしゃれたプレゼントでした。さらに、北海道の物産展で見つけたという「生ノースマン」もプレゼントされました。北海道出身の学生によると、とても有名なお菓子だそうで、「これは間違いない」と太鼓判を押していました。 私は、チョコレート好きの尾崎くんに合わせて、ガトーショコラ風のチョコレートチーズケーキを準備しました。 今回は、下のチョコレートタルト生地が固くなりすぎないよう、チーズケーキ部分と一緒に焼き上げました。仕上げには粉砂糖を振り、カラースプレーやアポロ型のいちごチョコ、いちご風味のトッピングを加えて、少し華やかな

久しぶりに研究室での開催となる今週のCNSカフェでは、AIを使って複雑なRNA構造を一から設計する研究や、GPCRを活性化・阻害するミニタンパク質のde novo設計など、「生命分子を理解する」だけでなく「目的の機能に合わせて作る」研究が目立ちました。 さらに、mRNAの翻訳効率と忠実度を高める修飾ヌクレオチド、tRNAを医薬品として利用する遺伝性疾患治療、8 MDaにも及ぶ巨大な酵素超複合体、自閉症関連変異によるタンパク質相互作用ネットワークの再編成、そして老化や炎症を制御する細胞内シグナルまで、今週も幅広い内容です。 それでは今週のおすすめ8品です。 1品目：AIで複雑なRNA pseudoknotを一から設計する De novo design of RNA pseudoknots with deep learning Science ｜ Full Text DOI: 10.1126/science.aeg6829 タンパク質のde novo設計は近年急速に進歩していますが、RNAでは複雑なpseudoknotを狙った構造へ折り畳ませることは

今週もCell、Nature、Scienceから、生命科学の幅広い分野で気になった論文をピックアップしました。 今週は、タンパク質凝縮体が葉緑体を光から守る仕組み、プリオンによる突然変異率の制御、AlphaFold構造データベースを利用した未知酵素の発見、β-arrestinを直接制御する小分子、幹細胞が分裂回数を「数える」仕組みなど、生命がさまざまな情報を読み取り、記憶し、応答へと変換する研究が多く見られました。 さらに、ファージ感染による宿主DNA分解の検知、de novoタンパク質設計による新しい蛍光タグ、virome全体を対象としたウイルスタンパク質機能解析まで、今週も盛りだくさんです。 それでは、今週のおすすめ8品です。 1品目：タンパク質凝縮体が葉緑体の「日焼け止め」になる Chloroplast sunscreening by protein condensates confers high-light tolerance Cell 植物は光合成のために光を必要としますが、強すぎる光は葉緑体内で一重項酸素（¹O₂）などの活性酸素種を

本日は、葛飾キャンパスでオープンキャンパスが開催されました。 昨年度は薬学部が葛飾キャンパスへ移転してきた初年度ということもあり、薬学部・先進工学部・工学部の合同開催でした。しかし、来場者の混雑を緩和するため、今年度は日曜日を薬学部、月曜日を先進工学部・工学部とする別日開催となりました。 また、本日は通常とは異なる東側から台風が接近していた影響もあり、これまで続いていた猛暑が少し和らぎ、来場者にとっては比較的過ごしやすい一日となりました。 今年も当研究室では、タンパク質-DNA複合体の立体モデルを中心とした展示を行いました。昨年度から導入したこのモデルは、実際に立体構造を体感できるため、存在感抜群です。さらに、「夏の日差し」とも関わりの深い紫外線によるDNA損傷や、生体がそれにどのように応答し、DNA修復酵素によって傷ついたDNAを修復しているのかを紹介するポスターも展示しました。身近な現象から生命科学へ興味を持っていただけるよう工夫した展示内容です。 私は午前中、進学相談コーナーを担当しました。学部の特色や教育内容、入試について質問をいただき、

今週も、Cell、Nature、Science誌から気になった論文を取り上げ、金曜CNSカフェを開催しました。 今回は、RNAとタンパク質を鋳型とする細菌の抗ファージ免疫、タンパク質間相互作用を読み解く言語モデル、膜間脂質輸送、リソソーム膜修復、変異RNAを利用したがん細胞の選択的除去、細胞の基盤モデル、AIによるファージゲノム設計、ミトコンドリア輸送の方向転換を紹介しました。 今週の論文に共通するのは、細胞や生物が持つ複雑な情報を読み取り、それを防御、輸送、修復、治療、設計へ変換する仕組みです。 それでは、今週のおすすめ8品です。 1品目：RNAとタンパク質を鋳型にして抗ウイルスDNAを作る Coordinated RNA- and protein-templated synthesis of double-stranded DNA by a dual reverse transcriptase immune system（Cell） 細菌のreverse transcriptaseは、単にRNAからDNAを作るだけではなく、抗ファージ防御にも

木曜日、金曜日の2日間にわたり、研究室の前期報告会を開催しました。 4月から現在の研究室体制となり、約4か月が経ちました。この間、研究室では毎週月曜日のゼミ、朝の勉強会、そして金曜日のCNSカフェを継続し、研究だけでなく学びや議論の機会を積み重ねてきました。 その中で、各学生はそれぞれの研究テーマに取り組み、着実に研究を進めてきました。特に学部4年生と今年新たに研究室へ加わった留学生にとっては、ゴールデンウィーク明けの5月から本格的に研究が始まったため、実質的な研究期間は約3か月です。そのような限られた期間にもかかわらず、一人ひとりが明確な目的意識を持って研究に取り組み、その成果を堂々と発表してくれました。 1月の研究室配属以来、基礎的な実験技術や文献の読み方、研究の進め方などを少しずつ身に付けてきた成果もあり、各自が現状を客観的に整理し、今後の課題まで含めて分かりやすくまとめられていたことが印象的でした。発表資料を作成する過程で、自身の研究を改めて振り返ることができたことは、後期の研究を進める上でも大きな財産になったと思います。...

期末試験を実施しました。 今回の試験範囲は、中間試験以降に学んだDNAと遺伝情報、脂質、生体膜、シグナル伝達、生体エネルギー論です。 今回は試験期間中に行う正式な定期試験ということもあり、履修学生の皆さんは、前後の到達度評価試験を含め、多くの試験科目を抱えています。そのような中、生化学の試験は知識問題だけでなく、計算問題や応用問題、英語による出題など、多岐にわたるため、学生たちからは少々恐れられているようです。 私としては、生化学がもつ多様な側面に触れてもらうとともに、学生一人ひとりが講義を通してどの程度知識や考え方を身につけたのかを確認したいと考え、近年はこのような形式で試験を行っています。 試験開始からしばらくしたところで、生化学の講義内容に関連する英語の動画を流し、その内容について問題に答えてもらいました。普段の講義ではアンケート形式で気軽に回答してもらっていますが、試験では得点に関わるため、学生たちの表情も真剣そのものです。 初めて見る英語動画の内容を一度で理解し、設問に答えることは簡単ではありません。そのため、試験の後半でもう一度動画を

今週はNature誌とScience誌から気になった論文を取り上げ、金曜CNSカフェを開催しました。 今回は、シャペロンによるRISC形成、内在性代謝物による分子接着、生体分子凝縮を介した水分感知、STINGの変異–機能マップ、リソソーム老化、転移巣形成、細菌の抗ウイルス酵素、そして酵母による抗がん剤生産を紹介しました。 今週の論文に共通するのは、細胞が周囲や内部の状態をどのように感知し、それを構造変化、代謝制御、遺伝子発現、免疫応答へ変換するかという点です。 それでは、今週のおすすめ8品です。 1品目：シャペロンがAGOを開き、RISC形成を導く Structural basis for chaperone-guided assembly of RNA-induced silencing complex（Nature） RNA誘導サイレンシング複合体RISCは、Argonaute（AGO）タンパク質とsmall RNAから構成され、標的mRNAの分解や翻訳抑制を担います。しかし、成熟したAGOではRNA結合溝が閉じているため、大きなsmall

先週は、期末試験前最後の講義として、「生体エネルギー論と生化学反応のタイプ」について学びました。 これまで13週間にわたって学んできた糖質、脂質、タンパク質、核酸は、それぞれ独立した分子ではありません。生命活動は、物質とエネルギーが絶えず循環する一つの大きなシステムとして成り立っています。その始まりとなるのが太陽のエネルギーです。植物やシアノバクテリアは光エネルギーを利用して、二酸化炭素や窒素源から糖やアミノ酸を合成します。さらに、それらを材料として核酸やタンパク質など、さまざまな生命分子を作り出しています。 一方、私たち動物は太陽エネルギーを直接利用することはできません。そのため、植物や動物を食物として摂取し、糖質やタンパク質、脂質から生命活動に必要なエネルギーと材料を得ています。食事として取り込まれた栄養素は、まず消化によって単糖やアミノ酸などの小さな分子へと分解（異化）されます。その後、細胞内で必要に応じて再びタンパク質や核酸、生体膜などへと再合成（同化）され、生命活動に利用されます。この一連の流れの中心となるのがATPです。糖や脂質を分解

今週も、Cell誌、Nature誌、Science誌から気になった論文を持ち寄り、金曜CNSカフェを開催しました。 今回は、空間CRISPRスクリーニング、凝縮体形態を読み解く深層学習、全細胞デジタルツイン、mRNA 3′UTRによるタンパク質シャペロン、核内RNAの運命決定、共生細菌由来アセチルコリン、ヒト全身の3Dゲノムアトラス、そして遺伝子編集臨床試験の安全性を取り上げました。 今週の論文に共通するのは、生命現象を単に観察するだけではなく、細胞内の位置、形、構造、時間変化を読み取り、機能との因果関係を明らかにしようとする姿勢です。 それでは、今週のおすすめ8品です。 1品目：CRISPRスクリーニングに空間情報を加える Uncovering spatially resolved functional genomics with CRISPR screen sequencing（Cell） 従来のCRISPRスクリーニングでは、特定の遺伝子を破壊した細胞が増えたか、減ったかといった表現型を測定します。しかし、実際の組織では、細胞がどこに存在し