2019年度西野研実習/2019 Junior Student Lab Experiments
２週間にわたって３年生に向けた実習を行いました。 今年は学生が111名受講していて昨年よりもずいぶん増えました。 例年耐熱性タンパク質や糖結合タンパク質の精製を行っていますが、 今年度は新たに変異体を追加しました。 天然に存在する野生型タンパク質とそれにアミノ酸の変異を人工...
2019年度生命情報川柳第8週優秀川柳賞/2019 Bioinformatics Haiku 8th week prize
先週は期末試験を行いました。 ７週間にわたって学んできた生命情報科学ですが、 今年度は新たに技術進歩が著しい次世代シーケンスを加えました。 自分自身もなんとなく知ってはいましたが、 講義のために勉強する前は実際にどのようなデータが得られて流のかをしっかり理解していませんでし...
2019年度生命情報川柳第7週優秀川柳賞/2019 Bioinformatics Haiku 7th week prize
先週はエピゲノム、メタゲノム、パスウェイ解析を学びました。 エピゲノムはDNA配列のみで決まらないDNAのメチル化やヒストンの翻訳後修飾の解析です。 遺伝子配列が全く同じ一卵性双生児であっても身体的特徴や病気のなりやすさが違っています。...
2019年度生命情報川柳第6週優秀川柳賞/2019 Bioinformatics Haiku 6th week prize
先週はトランスクリプトームとプロテオームを学びました。 次世代シークエンス解析の波がトランスクリプトームにも来ているので 今年はあらたにRNA-seqについての講義を加えました。 RNA-seqのおかげで細胞内にはこれまで解析できなかった未知の転写産物が数多く存在しているこ...
2019年度生命情報川柳第5週優秀川柳賞/2019 Bioinformatics Haiku 5th week prize
先週はゲノム解析について学びました。 近年技術が進歩し、一人分のゲノム情報が10万円以下で調べられるというニュースを聞いた方もいらっしゃることと思います。 かつては数年かけて調べていたゲノム情報が次世代シーケンス(NGS)のおかげで数日で取得できるようになりました。...
2019年度生命情報川柳第4週優秀川柳賞/2019 Bioinformatics Haiku 4th week prize
先週は立体構造の情報について学びました。 立体構造は配列と比べると１つ次元が大きくなっているため 配列のように並べるわけにはいきません。 比較するためにはどことどこが同じかを回転や並進操作して比較する必要があります。 我々が目で見てなんとなく似ているかなというものは...
2019年度生命情報川柳第3週優秀川柳賞/2019 Bioinformatics Haiku 3rd week prize
先週は配列解析の二回目で複数配列の比較を学びました。 複数配列の比較はペアワイズアライメントと比較して格段に組み合わせが多くなります。 ペアワイズと同じ方法では天文学的な時間がかかってしまいます。 そこで計算時間の短縮のために様々な方法が開発されています。...
2019年度生命情報川柳第2週優秀川柳賞/2019 Bioinformatics Haiku 2nd week prize
先週はバイオインフォマティクスの基本である配列解析を学びました。 配列が全く同じものをデータベースから検索してくるのは簡単ですが、 一部違っているものをどのように判定するのか。 簡単なようで難しい問題です。 タンパク質では20種類のアミノ酸の置換をPAMという単位で変換確率...
小川くん、誕生日おめでとう
今日は小川くんの誕生日祝いをしました。 月例進捗会の後、白濱くんがシュークリームやケーキ、プリンを準備してくれました。 さらにポロのハンカチセットがプレゼントされました。 来年4月より就職した際には是非活用してください。 小川くん、誕生日おめでとう！！ Happy...
2019年度生命情報川柳第1週優秀川柳賞/2019 Bioinformatics Haiku 1st week prize
先週より後期の生命情報学講義が始まりました。 初回はイントロダクションを行なったのちに生化学や分子生物学の復習を行いました。 生命情報データベース紹介では文献データベースPubmedを取り上げました。 最近はグーグルスカラーというグーグルが取り扱う文献データベースもあります...