昨年と内容を少し変えたのでどうなるか心配しましたが、特に問題なく終えることが出来ました。 今年度は新型コロナの影響でターミナル室の定員が１/3になっているため, そのため全体を半分に割って片方は実験、もう一方はパソコン演習を行いました。...

先週はクオーター科目第８回目、期末試験を行いました。 生化学に引き続きオンライン試験です。 内容は今まで学んだことを少し応用したようなものにしました。 また、せっかくのオンライン試験なので、BLAST検索も含めました。 優秀川柳は以下の５句です。...

今週より西野研実習が始まりました。 前期の実習は全てオンラインでしたが、 ９月に始まった後期の実習はこれまでのところ発熱者もなく、対面で行われてきています。 2020年度の西野研実習も新型コロナウイルス対策を施して対面で開始しました。...

先週はエピゲノムとメタゲノム、パスウェイについて学びました。 次世代シークエンスを使ったChIP-seq法やBS-seq法によって 私達の遺伝情報の多様性が明らかになりました。 一卵性双生児でゲノム配列は全く同じにもかかわらず、...

先週はトランスクリプトームとプロテオームを学びました。 ゲノム配列解析と同様に次世代シークエンスによるRNA-Seqが盛んに行われ、 今までにないスピードで細胞内の発現状況が明らかになっています。 1細胞由来single cell...

先週はゲノム配列解析を学びました。 次世代シークエンス法による塩基配列決定によって、 ゲノム配列決定に必要なコストや時間は大幅に短縮されました。 一方で、膨大なデータを正確に並べてゲノム配列を決定することは生命情報の課題です。...

論文発表とともに立体構造情報の登録を行っていましたが、 今週の水曜午前9時に正式に公開されました。 筆頭著者の池田くんにとって初めての構造登録です。 今週までに登録されている立体構造は170172個で、 仲間入りを果たすことが出来ました。 池田くん、おめでとう！！...

先週は構造バイオインフォマティクスについて学びました。 生体高分子の立体構造は三次元情報で、 アミノ酸の一次配列より格段に情報が多くなっています。 立体構造の比較も、配列のアラインメントとは異なった方法によって行われています。...

先週は配列解析の二回目、マルチプルアラインメントです。 比較する配列が多くなると組み合わせも指数関数的に増加します。 そのため、動的計画法では天文学的な時間がかかってしまいます。 また、多くの場合、興味がある配列は進化的に離れていて、...

先週は配列解析を学びました。 配列解析の基本は自分が機能や構造を知りたい配列の特徴をつかむことです。 そのためには世界中にあるデータベースを検索して、 どの配列が自分のものと似ているか(相同検索)を調べます。 BLASTのWebサーバーを使えば一瞬で相同検索ができます。...