先週はゲノム配列解析を学びました。 次世代シークエンス法による塩基配列決定によって、 ゲノム配列決定に必要なコストや時間は大幅に短縮されました。 一方で、膨大なデータを正確に並べてゲノム配列を決定することは生命情報の課題です。...

論文発表とともに立体構造情報の登録を行っていましたが、 今週の水曜午前9時に正式に公開されました。 筆頭著者の池田くんにとって初めての構造登録です。 今週までに登録されている立体構造は170172個で、 仲間入りを果たすことが出来ました。 池田くん、おめでとう！！...

先週は構造バイオインフォマティクスについて学びました。 生体高分子の立体構造は三次元情報で、 アミノ酸の一次配列より格段に情報が多くなっています。 立体構造の比較も、配列のアラインメントとは異なった方法によって行われています。...

先週は配列解析の二回目、マルチプルアラインメントです。 比較する配列が多くなると組み合わせも指数関数的に増加します。 そのため、動的計画法では天文学的な時間がかかってしまいます。 また、多くの場合、興味がある配列は進化的に離れていて、...

先週は配列解析を学びました。 配列解析の基本は自分が機能や構造を知りたい配列の特徴をつかむことです。 そのためには世界中にあるデータベースを検索して、 どの配列が自分のものと似ているか(相同検索)を調べます。 BLASTのWebサーバーを使えば一瞬で相同検索ができます。...

2020年度の生命情報科学の講義が始まりました。 今年度は迷った末、生化学と同様にオンラインでの開講です。 前期は新型コロナの影響もあり、対面は考えられなかったのですが、 後期では感染予防策も取られています。 ただ一度に100人となると教室を確保することが困難です。...

先週は期末試験を行いました。 中間試験以降に学んだDNAや脂質、生体シグナリングやエネルギー変換についてです。 英語ビデオからの問題も用意しました。 中間試験と同様にZoomによる本人確認、Moodleシステムを使ったテストです。...

小栗くんの誕生日お祝いをしました。 宮本さんがケーキとプレゼントを用意してくれました。 女子に囲まれて心なしかご機嫌です。 小栗くん、誕生日おめでとう！！ Happy Birthday, Kentaro!!

研究室を主宰して6年目にして初めて論文がアクセプトされました。 これまでは自分で研究を行って、自分で結果をまとめて、 先生と一緒に論文を発表するというサイクルを繰り返して来ました。 今回は学生が行った研究を一緒に論文にまとめて、...

井戸くんの誕生日お祝いをしました。 小栗くんが誕生日ケーキを準備してくれました。 ２週間前の誕生日当日は本人不在でごま豆乳プリンを作りましたが、 今回は多くの学生と共にお祝いできました。 井戸くん、誕生日おめでとう！！ Happy Birthday, Mirai!!