第7回バイオインフォマティクス川柳優秀作品発表/Bioinformatics 7th week Haiku Prize
先週はエピゲノムとメタゲノム、パスウェイについて学びました。 次世代シークエンスを使ったChIP-seq法やBS-seq法によって 私達の遺伝情報の多様性が明らかになりました。 一卵性双生児でゲノム配列は全く同じにもかかわらず、...
第6回バイオインフォマティクス川柳優秀作品発表/Bioinformatics 6th week Haiku Prize
先週はトランスクリプトームとプロテオームを学びました。 ゲノム配列解析と同様に次世代シークエンスによるRNA-Seqが盛んに行われ、 今までにないスピードで細胞内の発現状況が明らかになっています。 1細胞由来single cell...
第5回バイオインフォマティクス川柳優秀作品発表/Bioinformatics 5th week Haiku Prize
先週はゲノム配列解析を学びました。 次世代シークエンス法による塩基配列決定によって、 ゲノム配列決定に必要なコストや時間は大幅に短縮されました。 一方で、膨大なデータを正確に並べてゲノム配列を決定することは生命情報の課題です。...
VASH1-SVBP立体構造が正式に公開されました。
論文発表とともに立体構造情報の登録を行っていましたが、 今週の水曜午前9時に正式に公開されました。 筆頭著者の池田くんにとって初めての構造登録です。 今週までに登録されている立体構造は170172個で、 仲間入りを果たすことが出来ました。 池田くん、おめでとう！！...
第4回バイオインフォマティクス川柳優秀作品発表/Bioinformatics 4th week Haiku Prize
先週は構造バイオインフォマティクスについて学びました。 生体高分子の立体構造は三次元情報で、 アミノ酸の一次配列より格段に情報が多くなっています。 立体構造の比較も、配列のアラインメントとは異なった方法によって行われています。...
第3回バイオインフォマティクス川柳優秀作品発表/Bioinformatics 3rd week Haiku Prize
先週は配列解析の二回目、マルチプルアラインメントです。 比較する配列が多くなると組み合わせも指数関数的に増加します。 そのため、動的計画法では天文学的な時間がかかってしまいます。 また、多くの場合、興味がある配列は進化的に離れていて、...
第2回バイオインフォマティクス川柳優秀作品発表/Bioinformatics 2nd week Haiku Prize
先週は配列解析を学びました。 配列解析の基本は自分が機能や構造を知りたい配列の特徴をつかむことです。 そのためには世界中にあるデータベースを検索して、 どの配列が自分のものと似ているか(相同検索)を調べます。 BLASTのWebサーバーを使えば一瞬で相同検索ができます。...
2020年度生命情報科学講義/第1回バイオインフォマティクス川柳優秀作品発表/2020 Bioinformatics 1st week Haiku Prize
2020年度の生命情報科学の講義が始まりました。 今年度は迷った末、生化学と同様にオンラインでの開講です。 前期は新型コロナの影響もあり、対面は考えられなかったのですが、 後期では感染予防策も取られています。 ただ一度に100人となると教室を確保することが困難です。...
2020年度生化学川柳第15週優秀川柳賞/2020 Biochemistry Haiku 15th week prize
先週は期末試験を行いました。 中間試験以降に学んだDNAや脂質、生体シグナリングやエネルギー変換についてです。 英語ビデオからの問題も用意しました。 中間試験と同様にZoomによる本人確認、Moodleシステムを使ったテストです。...
小栗くん、誕生日おめでとう！！／Happy Birthday, Kentaro!!
小栗くんの誕生日お祝いをしました。 宮本さんがケーキとプレゼントを用意してくれました。 女子に囲まれて心なしかご機嫌です。 小栗くん、誕生日おめでとう！！ Happy Birthday, Kentaro!!