今年度のバイオインフォマティクス教育セミナーにシンガポールより旧知のPrakash Arumugam先生を招きました。 アメリカ渡航時に機材トラブルのため数時間成田に滞在したことはあるようですが、それ以外では初来日です。 日曜朝に到着後、東京見物に出かけました。...

今日は白濱くんと青木くんの誕生日祝いをしました。 順番の都合で青木くんが白濱くんを、山口くんが青木くんのお祝いを共同で行いました。 金町ロールを皆でいただきました。 白濱くんには大好きなアニメのキャラクターグッズなどが贈られました。...

昨日、一昨日と理大祭でした。 二日間ともあいにくの天気で特に初日は雨と寒さでずいぶん大変な1日になってしまいました。 当研究室は今年もスイーツの出店を行いました。 夏からいろいろなメニューを考えて最終的にたどり着いたのが、カラフルドーナツです。...

２週間にわたって３年生に向けた実習を行いました。 今年は学生が111名受講していて昨年よりもずいぶん増えました。 例年耐熱性タンパク質や糖結合タンパク質の精製を行っていますが、 今年度は新たに変異体を追加しました。 天然に存在する野生型タンパク質とそれにアミノ酸の変異を人工...

先週は期末試験を行いました。 ７週間にわたって学んできた生命情報科学ですが、 今年度は新たに技術進歩が著しい次世代シーケンスを加えました。 自分自身もなんとなく知ってはいましたが、 講義のために勉強する前は実際にどのようなデータが得られて流のかをしっかり理解していませんでし...

先週はエピゲノム、メタゲノム、パスウェイ解析を学びました。 エピゲノムはDNA配列のみで決まらないDNAのメチル化やヒストンの翻訳後修飾の解析です。 遺伝子配列が全く同じ一卵性双生児であっても身体的特徴や病気のなりやすさが違っています。...

先週はトランスクリプトームとプロテオームを学びました。 次世代シークエンス解析の波がトランスクリプトームにも来ているので 今年はあらたにRNA-seqについての講義を加えました。 RNA-seqのおかげで細胞内にはこれまで解析できなかった未知の転写産物が数多く存在しているこ...

先週はゲノム解析について学びました。 近年技術が進歩し、一人分のゲノム情報が10万円以下で調べられるというニュースを聞いた方もいらっしゃることと思います。 かつては数年かけて調べていたゲノム情報が次世代シーケンス(NGS)のおかげで数日で取得できるようになりました。...

先週は立体構造の情報について学びました。 立体構造は配列と比べると１つ次元が大きくなっているため 配列のように並べるわけにはいきません。 比較するためにはどことどこが同じかを回転や並進操作して比較する必要があります。 我々が目で見てなんとなく似ているかなというものは...

先週は配列解析の二回目で複数配列の比較を学びました。 複数配列の比較はペアワイズアライメントと比較して格段に組み合わせが多くなります。 ペアワイズと同じ方法では天文学的な時間がかかってしまいます。 そこで計算時間の短縮のために様々な方法が開発されています。...