先週はエピゲノム、メタゲノム、パスウェイ解析を学びました。 エピゲノムはDNA配列のみで決まらないDNAのメチル化やヒストンの翻訳後修飾の解析です。 遺伝子配列が全く同じ一卵性双生児であっても身体的特徴や病気のなりやすさが違っています。...

先週はトランスクリプトームとプロテオームを学びました。 次世代シークエンス解析の波がトランスクリプトームにも来ているので 今年はあらたにRNA-seqについての講義を加えました。 RNA-seqのおかげで細胞内にはこれまで解析できなかった未知の転写産物が数多く存在しているこ...

先週はゲノム解析について学びました。 近年技術が進歩し、一人分のゲノム情報が10万円以下で調べられるというニュースを聞いた方もいらっしゃることと思います。 かつては数年かけて調べていたゲノム情報が次世代シーケンス(NGS)のおかげで数日で取得できるようになりました。...

先週は立体構造の情報について学びました。 立体構造は配列と比べると１つ次元が大きくなっているため 配列のように並べるわけにはいきません。 比較するためにはどことどこが同じかを回転や並進操作して比較する必要があります。 我々が目で見てなんとなく似ているかなというものは...

先週は配列解析の二回目で複数配列の比較を学びました。 複数配列の比較はペアワイズアライメントと比較して格段に組み合わせが多くなります。 ペアワイズと同じ方法では天文学的な時間がかかってしまいます。 そこで計算時間の短縮のために様々な方法が開発されています。...

先週はバイオインフォマティクスの基本である配列解析を学びました。 配列が全く同じものをデータベースから検索してくるのは簡単ですが、 一部違っているものをどのように判定するのか。 簡単なようで難しい問題です。 タンパク質では20種類のアミノ酸の置換をPAMという単位で変換確率...

今日は小川くんの誕生日祝いをしました。 月例進捗会の後、白濱くんがシュークリームやケーキ、プリンを準備してくれました。 さらにポロのハンカチセットがプレゼントされました。 来年4月より就職した際には是非活用してください。 小川くん、誕生日おめでとう！！ Happy...

先週より後期の生命情報学講義が始まりました。 初回はイントロダクションを行なったのちに生化学や分子生物学の復習を行いました。 生命情報データベース紹介では文献データベースPubmedを取り上げました。 最近はグーグルスカラーというグーグルが取り扱う文献データベースもあります...

生物工学科の恒例スポーツイベントバイオカップを開催しました。 今回は主催幹事のため、会場準備から運営、管理、懇親会の企画や後片付けまでを研究室メンバーで分担しました。 まずはソフトバレーボール大会です。 試合はトーナメント制で今年は12研究室+OBOGチーム+2/3年生チー...

本日は8月、9月に誕生日を迎える３人の合同誕生日会を行いました。 男子３人でチョコロールクレープケーキを準備してくれました。 巻き上がったケーキを見るとボリューム感がたっぷりです。 こちらを皆でいただきました。 ケーキに加えてそれぞれプレゼントも準備してくれました。...