第3回バイオインフォマティクス川柳優秀作品発表/Bioinformatics 3rd week Haiku Prize

先週は配列解析の二回目、マルチプルアラインメントです。

比較する配列が多くなると組み合わせも指数関数的に増加します。

そのため、動的計画法では天文学的な時間がかかってしまいます。

また、多くの場合、興味がある配列は進化的に離れていて、

ギャップやインサート領域が多く、保存関係が明確でありません。

そのような中から興味ある配列を見つけてくる際に役立つのが、

プロファイリングなどの確率的影響を含めたアプローチや、

隠れマルコフモデルという状態遷移確率を含めたアプローチです。

ClustalOmegaはそれらを採用したサーバーで、

効率よくマルチプルアラインメントを行い、系統樹も作ってくれるため、

バイオインフォマティクス解析には欠かせません。

先週の優秀川柳は以下の5句です。

BLASTで　運命の人も　探したい

マルチプル　7配列で　8万年

モチーフを　確率論で　プロファイル

私にも、隠れた機能、あるのかな？

性格も　アラインメント　できたらな

来週も楽しみにしています。