４年ぶりの放射光施設への訪問/Trip to Synchrotron facility
本日は４年ぶりに筑波の高エネルギー加速器研究機構の研究所で、タンパク質結晶の回折データ測定実験を行いました。 新型コロナウイルスの感染拡大以降、放射光施設への入室制限があり、ほとんどの測定はサンプルを宅急便で郵送して行っていました。...
上嶋さん、お誕生日おめでとう！/Happy Birthday, Kimika!
今日は上嶋さんの誕生日をお祝いしました。 田村さんが、地元の山形県から特別に選んだ日本酒をプレゼントしてくれました。 研究室では同じチームで、席も近いため、日々のコミュニケーションを通じて、互いの好みを理解しています。 一緒に写っている沼野くんの笑顔からも、幸せな雰囲気が伝...
2023年度バイオインフォマティクス川柳第七週目優秀川柳賞/2023Bioinformatics Haiku prize week7
先週はエピゲノム、メタゲノム、パスウェイ解析を学びました。 ゲノムにコードされた遺伝子はすべて発現するわけではなく、特定の細胞や特定の条件下でRNAへの転写やタンパク質への翻訳が行われます。発現の制御を担っているのがエピゲノムと呼ばれるDNAやタンパク質の翻訳後修飾です。...
山縣さん、お誕生日おめでとう！Happy Birthday, Lilico!
本日は山縣さんのお誕生日のお祝い会をしました。 上嶋さんより、ハモンセラーノの生ハムブロックのプレゼントです。 週末もラムロックを食べたそうで、大きな塊肉にご満悦でした。 私はさつまいものスイートポテトをタルト風に仕上げました。 風車のクープで模様をつけました。...
西野研実習5日目/NishinoLabExperiment Course Day5
先週火曜に始まった今年度の実習は、本日で最終日を迎えました。 本日は4日目と同じ内容を扱い、実験班と演習班を入れ替えて実施しました。 実験班では、実習の開始時に当日の実験内容や手順をホワイトボードで説明します。 この情報は実習の手引書に記載さていますが、各班のTAはそれを分...
2023年度バイオインフォマティクス川柳第六週目優秀川柳賞/2023Bioinformatics Haiku prize week6
先週はトランスクリプトームとプロテオームについて学びました。 ゲノムの情報から特定の遺伝子が存在はわかりますが、 その遺伝子が実際に発現しているかを確認するには、転写産物とタンパク質の情報が必要です。 特定の条件や細胞の種類、また病気の有無によって、発現するタンパク質の種類...
西野研実習4日目/NishinoLabExperiment Course Day4
先週の三日間を終え、実習も後半の二日を残すばかりです。 演習班は、タンパク質の構造比較、凝集性の予測、そしてドッキングシミュレーションにに取り組みます。 実習開始前には司会進行役のM1の菊池くんが、演習の内容を確認していました。...
西野研実習3日目/NishinoLabExperiment Course Day3
3日目の実習では、実験班と演習班を入れ替えて実施しました。 昨年までは、実験を担当するTAと演習を担当するTAがいて、学生たちはそれぞれの実験で異なるTAから指導を受けていました。このアプローチはTAにとっては同じ内容を２回教えることとなり、内容の理解と伝達が向上する一方、...
西野研実習2日目/NishinoLabExperiment Course Day2
初日のガイダンスとソフトウエアを使った組換えベクターの解析を踏まえて、 2日目は実際に実験を行う実験班とタンパク質の構造をソフトウエアを使って解析する班に分かれました。 実習室では、M2の関くんの取りまとめのもとで本日の実験内容の確認を行いました。...
2023年度バイオインフォマティクス川柳第五週目優秀川柳賞/2023Bioinformatics Haiku prize week5
先週はゲノム解析を学びました。 最近の塩基配列解析技術の進歩により、さまざまな生物種のゲノムの塩基配列が明らかになっています。 また、特定の生物種において個別の塩基配列の違いを解析するリシークエンスも盛んに行われています。...