先週はトランスクリプトームとプロテオームについて学びました。 ゲノムの情報から特定の遺伝子が存在はわかりますが、 その遺伝子が実際に発現しているかを確認するには、転写産物とタンパク質の情報が必要です。 特定の条件や細胞の種類、また病気の有無によって、発現するタンパク質の種類...

先週の三日間を終え、実習も後半の二日を残すばかりです。 演習班は、タンパク質の構造比較、凝集性の予測、そしてドッキングシミュレーションにに取り組みます。 実習開始前には司会進行役のM1の菊池くんが、演習の内容を確認していました。...

3日目の実習では、実験班と演習班を入れ替えて実施しました。 昨年までは、実験を担当するTAと演習を担当するTAがいて、学生たちはそれぞれの実験で異なるTAから指導を受けていました。このアプローチはTAにとっては同じ内容を２回教えることとなり、内容の理解と伝達が向上する一方、...

初日のガイダンスとソフトウエアを使った組換えベクターの解析を踏まえて、 2日目は実際に実験を行う実験班とタンパク質の構造をソフトウエアを使って解析する班に分かれました。 実習室では、M2の関くんの取りまとめのもとで本日の実験内容の確認を行いました。...

先週はゲノム解析を学びました。 最近の塩基配列解析技術の進歩により、さまざまな生物種のゲノムの塩基配列が明らかになっています。 また、特定の生物種において個別の塩基配列の違いを解析するリシークエンスも盛んに行われています。...

秋晴れの中、学部３年生対象の西野研実習が始まりました。 今年度は３年生が101名で、17つの班に分かれて実験と演習を行います。 実習開始前には取りまとめ役のM2の関田くんより概要説明がありました。 特に卒研生は初めての実習班の指導となるため、うまくいかなかった際の対応法など...

先週は、構造バイオインフォマティクスを学びました。 DNAやRNA, タンパク質などの整体分子は、特定の折れたたまり構造によって機能します。 一次配列上で、遠く離れた位置にある残基も折れたたまれた状態で近接し、酵素の場合は活性中心を形成します。...

今日は森上さんの誕生日祝いをしました。 同期の山縣さんよりShiroのヘアオイルのプレゼントです。 学籍番号も近く、普段のゼミでも続きで発表行うことが多いので、お互いに気心が知れています。 私はチョコバナナケーキを焼いてきました。...

ゼミ合宿を一泊二日で行って来ました。 秋晴れの中、今年は房総半島巡りです。 まずは途中のレストランで腹ごしらえです。 続いて館山まで移動して、海釣りです。 釣竿やえさ、道具を借りて防波堤で釣り糸を垂れました。 最初はどうなるか心配しましたが、運も味方をしたようで、思ったより...

先週は配列解析の２回目、マルチプルアラインメントを学びました。 一対一のアラインメントからは一致、不一致、ギャップの場所が分かりますが、 一致している部分の保存の程度や意義は分かりません。 また、二つの配列がどちらがどのように変化/進化したのかも推測の域を出ません。...