2018年度西野研実習3日目
西野研実習の3日目は実験室を離れてターミナル室でパソコンを使ったタンパク質の解析です。 今年度も理科大で契約しているDiscovery studioを使用して、 タンパク質のホモロジーモデリングやドッキングシミュレーションを行いました。...
2018年度バイオインフォマティクス川柳第8週優秀賞/2018 bioinformatics haiku 8th week prize!!
先週の期末試験を持って今年度の生命情報科学も終了となりました。 期末試験では講義で取り扱った内容(情報の取り扱い方や知識、計算)を中心に出題しました。 思い通りに問題を解けた人、なかなか苦労した人もいたかと思います。 駆け足の８週間でしたが、今後の実習や卒業研究に役立てて貰...
2018年度西野研実習2日目
実習二日目です。 初日に実験をしていない班は実験計画書を、実験を行なった班はその結果を踏まえた上で実験計画書を提出したのちに実験スタートです。 タンパク質の実験は反応時間や電気泳動の待ち時間が多いということで 今年は論文課題を貸すことにしました。...
2018年度西野研実習1日目
今年も3年生の実習の季節がやってきました。 内容は基本的には変えていませんが、 初日は９種類のサンプルのプラスミド情報を配布し、自分たちで検索して同定方法を考えるようにしたこと。 それらのサンプルから各班が５種類を選ぶようにしたので、 今までより班ごとでの違いが出ています。...
横山くん、誕生日おめでとう！！/Happy Birthday, Koji!!
今日は横山くんの誕生日祝いをしました。 準備は白濱くんが担当です。 金町ロールケーキを皆でいただき、 プレゼントは今治のタオルセットでした。 横山くん、誕生日おめでとう！！ Happy Birthday, Koji!!
2018年度バイオインフォマティクス川柳第7週優秀賞/2018 bioinformatics haiku 7th week prize!!
先週はパスウェイ解析と遺伝学的解析を取り扱いました。 次世代シーケンスにより生物ゲノムが次々に報告され、 様々な生物からの遺伝子が明らかになっています。 その結果、どの生物種でどの遺伝子が保存され、 どの遺伝子がなくなっているかを比較することができます。...
Happy Halloween!!
渋谷は大騒ぎになっているようですが、 怪我のないようにハロウィーンをお楽しみください。 Happy Halloween!!
2018年度バイオインフォマティクス川柳第5,6週優秀賞/2018 bioinformatics haiku 5,6th week prize!!
先週は10月最初の台風の影響で休講になった分の補講を含めて2コマ連続の講義でした。 幸い内容はゲノム、トランスクリプトーム、プロテオームと 生物のセントラルドグマのバイオインフォマティクス三連続となりました。 それぞれ異なる手法でデータが取り扱われています。...
2018年度バイオインフォマティクス川柳第4週優秀賞/2018 bioinformatics haiku 4th week prize!!
先週は生体分子の立体構造バイオインフォマティクス を学びました。 配列が一次元情報なのに対して構造は三次元情報です。 構造の情報処理には膨大な計算が必要です。 そのような計算がどのように行われているか。 どのように効率よく行えるかを学びました。...
2018年度バイオインフォマティクス川柳第3週優秀賞/2018 bioinformatics haiku 3rd week prize!!
先週は配列アラインメント第二弾でした。 二つ以上の塩基配列やタンパク質配列をどのように簡便に整列するかはとても大切です。 似ている度合いをスコア化し、隠れマルコフ法によって挿入と欠失が取り扱われています。 今週の優秀川柳は以下の５句です。 マルコフに 任せてしまおう IとD...