2021年度第7回バイオインフォマティクス川柳優秀作品発表/2021Bioinformatics 7th week Haiku Prize
先週はメタゲノム、エピゲノム、パスウェイ解析を学びました。 環境中にどのような生物が存在しているかを解析するメタゲノム、 培養することなく次世代シーケンスによって網羅的に配列解析を行います。 解析する遺伝子ターゲットが決まっているアンプリコンの場合は、...
2021年度西野研実習初日
今週から３週間に渡って３年生対象の実験実習が開始しました。 今月より緊急事態宣言が解除されて大学の制限も緩和されていますが、 教室の人数制限は残ったままなので、今年度も実習では半分ずつとなりました。 しかし、初日の講習会は、今年度から新たに新設された講義棟の大教室（定員２７...
2021年度第6回バイオインフォマティクス川柳優秀作品発表/2021Bioinformatics 6th week Haiku Prize
先週は転写と翻訳を学びました。 遺伝情報が細胞内で機能するためには、転写によってmRNAや他のRNAが作られて、 翻訳によってタンパク質が合成されます。 トランスクリプトームやプロテオームは、 いつ、どの遺伝子がどの程度転写、翻訳されたかをゲノムスケールで調べる手法です。...
2021年度第5回バイオインフォマティクス川柳優秀作品発表/2021Bioinformatics 5th week Haiku Prize
先週はゲノムインフォマティクスを学びました。 次世代シーケンサーで次々とゲノム情報が解析され、 これまでにないほどの情報が蓄積されています。 ヒトのゲノム情報の概要が明らかになって20年経ちますが、 それ以降も様々な研究者の努力により遺伝子や染色体の構造、...
2021年度第4回バイオインフォマティクス川柳優秀作品発表/2021Bioinformatics 4th week Haiku Prize
先週は構造バイオインフォマティクスを学びました。 生体分子は立体的な形状をとることで機能します。 立体特異性のある酵素やタンパク質は、本来結合する相手と、 鏡の向こうにある分子（鏡像異性体と言います）を見分けることができます。...
2021年度第3回バイオインフォマティクス川柳優秀作品発表/2021Bioinformatics 3rd week Haiku Prize
先週はマルチプルアライメントについて学びました。 一対一のペアワイズアラインメントに比べると計算量が飛躍的に増えてしまうことや、 どの配列とどの配列がどの程度似ているのかなど、 取捨選択するパラメーターも増えることからより難しくなっています。...
2021年度第2回バイオインフォマティクス川柳優秀作品発表/2021Bioinformatics 2nd week Haiku Prize
先週は配列解析に1回目の講義をおこないました。 配列解析の基本は相同性比較です。 比較するものが０か１であれば簡単ですが、 塩基配列では4種類、アミノ酸配列では20種類あります。 また、配列情報は一次元につながっているため、どこから初めてどこまでを比較するのか、...
2021年度第1回バイオインフォマティクス川柳優秀作品発表/2021Bioinformatics 1st week Haiku Prize
先週より後期の生命情報科学講義が始まりました。 前期と同様に第一週目は完全オンラインのため、 Zoomにて講義の概要説明を行いました。 その後はバイオインフォマティクスで大切な文献検索方法を学びました。 文献検索サイトとしてはPubmed(https://pubmed.nc...
2021年度生化学1生化学川柳第十五週目優秀川柳賞/2021Biochemistry1 Haiku prize week15
先週は期末試験を行いました。 約６ヶ月に渡って行ってきた生化学１講義の総仕上げです。 一部Zoom経由の受験者もいましたが、 殆どの学生はターミナル室のパソコンを使ってオンライン試験に望みました。 普段はオンデマンドの講義なので、中間試験以来の生徒との対面です。...
2021年度生化学1生化学川柳第十四週目優秀川柳賞/2021Biochemistry1 Haiku prize week14
夏季休暇のため、更新が遅くなりましたが、 前回講義の優秀川柳発表です。 前回は生体化学反応のエネルギー論について学びました。 生命活動を続けるためには常に外部から栄養を摂取し、多くの反応はエネルギー通貨であるATPを利用します。...