本日は実習３日目です。 実験と演習の学生班が入れ替わって同じ内容を行います。 実験初日は緊張していたTAも昨日の経験を踏まえて、自信を持って説明しています。 本日のターミナル室は全員が収容できる教室での開催です。 内容は昨日と同じですが、全員を一度に指導できるのは運営面で助...

先週は期末試験を行いました。 今回は講義棟のターミナル室でオンライン試験です。 通常の講義は非同期形式のため、学生達と合うのは生化学の期末試験以来です。 メールで質問をくれた学生達や川柳を選ぶ際は名前は覚えているものの、顔が浮かびません。...

到達度評価試験期間が明け、一週間ぶりに実習2日目です。 昨年と同様に実習室で実験実習、ターミナル室でDiscoveryStudioを使った演習です。 実習室では修士2年の田村さんを中心に実験内容の確認を行いました。 ターミナル室では修士2年の山本くん、修士1年の井戸くんが各...

先週はメタゲノム、エピゲノム、パスウェイ解析を学びました。 環境中にどのような生物が存在しているかを解析するメタゲノム、 培養することなく次世代シーケンスによって網羅的に配列解析を行います。 解析する遺伝子ターゲットが決まっているアンプリコンの場合は、...

今週から３週間に渡って３年生対象の実験実習が開始しました。 今月より緊急事態宣言が解除されて大学の制限も緩和されていますが、 教室の人数制限は残ったままなので、今年度も実習では半分ずつとなりました。 しかし、初日の講習会は、今年度から新たに新設された講義棟の大教室（定員２７...

先週は転写と翻訳を学びました。 遺伝情報が細胞内で機能するためには、転写によってmRNAや他のRNAが作られて、 翻訳によってタンパク質が合成されます。 トランスクリプトームやプロテオームは、 いつ、どの遺伝子がどの程度転写、翻訳されたかをゲノムスケールで調べる手法です。...

先週はゲノムインフォマティクスを学びました。 次世代シーケンサーで次々とゲノム情報が解析され、 これまでにないほどの情報が蓄積されています。 ヒトのゲノム情報の概要が明らかになって20年経ちますが、 それ以降も様々な研究者の努力により遺伝子や染色体の構造、...

先週は構造バイオインフォマティクスを学びました。 生体分子は立体的な形状をとることで機能します。 立体特異性のある酵素やタンパク質は、本来結合する相手と、 鏡の向こうにある分子（鏡像異性体と言います）を見分けることができます。...

先週はマルチプルアライメントについて学びました。 一対一のペアワイズアラインメントに比べると計算量が飛躍的に増えてしまうことや、 どの配列とどの配列がどの程度似ているのかなど、 取捨選択するパラメーターも増えることからより難しくなっています。...

先週は配列解析に1回目の講義をおこないました。 配列解析の基本は相同性比較です。 比較するものが０か１であれば簡単ですが、 塩基配列では4種類、アミノ酸配列では20種類あります。 また、配列情報は一次元につながっているため、どこから初めてどこまでを比較するのか、...