生命システム工学実験2・初日レポート

本日は2年生の実験科目「生命システム工学実験2」の第1日目を行いました。

この科目は昨年度から新たに実施されている実習で、私たちの研究室は今週と来週にかけて担当します。

これまで研究室の学生とともに実施内容を検討してきましたが、今年度は昨年と異なり、初日に「バイオインフォマティクス解析」、１週間後の2日目に「実験」を行う形式を採用しました。これにより、受講する学生がより深く内容を理解できるよう工夫しています。

開始前には、M2の学生たちが今日の予定を入念に確認していました。

初回の流れ

初日は全員がPC室に集合し、タンパク質の構造や配列、分子量や等電点などを調べました。

冒頭では私から実習の概要と進め方について説明を行い、その後、TAを務める研究室の学生たちが一言ずつ自己紹介と挨拶をしました。受講生は全118名。18の班に分かれており、研究室の学生は総動員でサポートにあたりました。

思わぬハプニング

説明後、各班でタンパク質構造データベース（PDB/RCSB）を使った検索を始めたところ、思わぬ事態が発生しました。100名以上が一斉にアクセスしたことで、サーバー側からアクセスを一時的に拒否されてしまったのです。いわゆる「DDoS攻撃」と誤認されたような状態で、一定時間アクセス不能になりました。

もちろん、プレ実習の段階では問題なく進められていたのですが、本番で多数が同時に利用するとこうした状況になるとは予想外でした。日本のPDBjやヨーロッパのPDBeといった代替のデータベースもあるのですが、最初は何が起きているのか分からず、逆に何度もアクセスしてしまったため、さらに混乱が広がりました。

幸い、TAたちが機転を利かせて後半の課題を先に進めるなど臨機応変に対応した結果、時間を置いて無事にアクセスできるようになりました。

実習の成果

その後は各班で課題に取り組み、タンパク質の構造や配列の解析を進めました。昨年のバイオインフォマティクスの授業でPDBの基本的な利用方法を学んでいるため、多くの学生がスムーズに検索・解析を行えていました。ただし、「それを実際の実験にどう結びつけるか」という点は新鮮な学びになったようです。最後にはM2のTAが課題の解説を行い、初日の実習が無事終了しました。

今回の体験は、データベースを単なる情報源として使うのではなく、研究や実験と直結させる意義を実感する良い機会になったと思います。

次回に向けて

初回から予期せぬハプニングに見舞われましたが、むしろ学生たちにとっては「大規模なアクセスの影響」という現実的な課題に触れる良い体験になったのではないでしょうか。来週は実験との組み合わせで、さらに実践的な学びが期待できます。