構造生物化学実験・２日目

本日より、実習室とPC室に分かれて、それぞれウェット実験とドライ実験を行いました。

各実験内容はTAの学生たちと議論を重ね、昨年から内容を大幅に改訂しています。両方の実習が互いに補完し合う構成とし、学生が研究室での実際の研究の流れを体感できるよう工夫しています。

初日に作成した発現ベクターより作られる組換えタンパク質を基に、それぞれの実験内容が組まれています。

ウェット実験：組換えタンパク質の発現と精製

実習室では、大腸菌で発現させた組換えタンパク質について、発現量と可溶性の確認、精製を行いました。

各班は組換えタンパク質を発現した大腸菌抽出液を用い、遠心分離後の上清・沈殿をSDS-PAGEで比較し、目的タンパク質がどの画分に存在するかを観察しました。実習担当のTAと学生たちが議論しながら進めることで、お互いの学びが深まっている感じがしました。

ドライ実験：AlphaFoldによる構造予測とDiscoveryStudioを使った分子描画

一方のPC室では、Benchlingで設計したベクター情報を基に、AlphaFold3を用いたタンパク質の立体構造予測を行いました。学生たちは発現ベクターより抽出したアミノ酸配列データを入力し、得られた構造モデルを可視化してドメイン構造を確認しました。実際に発現しているタンパク質の構造を自らの目で確かめることで、「配列設計」と「構造形成」のつながりを理解できる良い機会となりました。実習室と同様に、TAが学生をサポートしながら進めることで躓きやすいポイントを丁寧に解説しながら進めていました。

計算が一段落したところで、助教の伊藤くんがAlphaFoldの結果をわかりやすく解説してくれました。

どちらの実習も大きなトラブルはなく、予定通りに進行しました。

初日の段階としては順調な滑り出しで、まずは一安心。

次回は、得られた結果を基にさらに詳細な構造比較や解析へと進みます。