2021年度第3回バイオインフォマティクス川柳優秀作品発表/2021Bioinformatics 3rd week Haiku Prize
先週はマルチプルアライメントについて学びました。
一対一のペアワイズアラインメントに比べると計算量が飛躍的に増えてしまうことや、
どの配列とどの配列がどの程度似ているのかなど、
取捨選択するパラメーターも増えることからより難しくなっています。
さらに、どの順番でアラインメントするかによって結果も変わってきます。
一方、アラインメントする配列がわかっている場合はとても便利なサイトがあります。
複数の配列を入力するだけでそれらの比較、系統樹も書いてくれます。
以下の写真は例題にあるヒト、マウス、ヤギのヘモグロビンの配列比較と系統樹です。
配列比較で一致している部分にはアステリスクが、
似ている場合はその度合いに応じてコロンやピリオドがつきます。
系統樹ではヒトとマウスが近く、ヤギのヘモグロビンは特殊なサブユニットのため、離れていることがわかります。
このように、複数の配列を比較することでタンパク質の進化やお互いの関係性が見えてきます。
さて、先週の優秀川柳は以下の５句です。
数学は 垣根を越えて 使われる
ホモログと ニアミス川柳 類似性
重みづけ 進化の歴史 知るために
配列の 比較で育つ 進化の木
雨なのに 私は散歩 予測不可
来週も楽しみにしています。
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