2021年度第2回バイオインフォマティクス川柳優秀作品発表/2021Bioinformatics 2nd week Haiku Prize

先週は配列解析に1回目の講義をおこないました。

配列解析の基本は相同性比較です。

比較するものが０か１であれば簡単ですが、

塩基配列では4種類、アミノ酸配列では20種類あります。

また、配列情報は一次元につながっているため、どこから初めてどこまでを比較するのか、

さらに挿入や欠失も可能性として考えられるため、特別な比較が必要です。

配列解析では動的計画法と呼ばれる演算方法が利用されます。

この場合、対象の配列同士を一対一で比較します。

一致するのかそうでないのか、もし一致するとしたらどの程度一致するのか、もし違っている場合はどの程度違っている場合に挿入や欠失をスコア化します。

このような計算は多くの配列比較プログラムで採用されていて、原理を知らずに利用できますが、

原理を知ればさらなる応用が可能です。

blast (https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi )はとても有名な配列比較サーバーで、分子生物学を学んでいる人であれば一度は見たことがあると思います。

DNA同士、タンパク質同士、DNAからタンパク質、タンパク質からDNAと4つのプログラムに分かれています。

どんな配列でも比較できるので、一度試してみてください。

先週の優秀川柳は以下の5句です。

BLASTは　過去の旅への　道しるべ

はりめぐる　情報の糸　生命源

体内の　情報すべて　文字起こし

複雑で　便利かどうか　わからない

後でやろう　地震で帰れず　焦ってる

来週も楽しみにしています。