2019年度生命情報川柳第4週優秀川柳賞/2019 Bioinformatics Haiku 4th week prize

先週は立体構造の情報について学びました。

立体構造は配列と比べると１つ次元が大きくなっているため

配列のように並べるわけにはいきません。

比較するためにはどことどこが同じかを回転や並進操作して比較する必要があります。

我々が目で見てなんとなく似ているかなというものは

ジグゾーパズルの要領で比較するポイントを押さえて頭の中で回転、並進操作を行なっています。

計算機で立体構造を比較する場合は２点間の距離を測定し、

それを比較するという手法を取ります。

２点間の距離が最小になるように計算した結果をRMSD(最小二乗平均の平方根)という値で出力します。

RMSDが２Å(10のマイナス10乗メートル)であれば結構似ている、

４Å以上であればあまり似ていないという風に判断できます。

今週の優秀川柳は以下の５句です。

ホモロジー 予測で得られる モデリング

近づきたい トランスは嫌 シスがいい

台風か 家にこもって 復習を

タンパク質 立体解析 PDB

SCOPで 立体構造 掘り下げる

来週も楽しみにしています。