2019年度生命情報川柳第3週優秀川柳賞/2019 Bioinformatics Haiku 3rd week prize

先週は配列解析の二回目で複数配列の比較を学びました。

複数配列の比較はペアワイズアライメントと比較して格段に組み合わせが多くなります。

ペアワイズと同じ方法では天文学的な時間がかかってしまいます。

そこで計算時間の短縮のために様々な方法が開発されています。

似ているものから比較していく累進法、途中で配列を入れ替える逐次改善法などによって計算時間が大幅に短縮されます。

隠れマルコフモデル法による挿入や欠失の取り扱いも効率よく比較する方法の１つです。

また複数配列の解析で重要になるのはあまり似ていない配列の中かから重要な部分を取り出していく過程です。

その方法の１つとして似ていない配列同士の比較に重み付けをする方法もあります。

先週の優秀川柳は以下の５句です。

アミノ酸 一文字表記 忘れてた

イケメンと 自分の配列 比較したい

隠れても マルコフモデルで 明らかに

系統樹 アラインメントの 積み重ね

重み付け 似てない配列 重要視

来週も楽しみにしています。