2019年度生命情報川柳第2週優秀川柳賞/2019 Bioinformatics Haiku 2nd week prize

先週はバイオインフォマティクスの基本である配列解析を学びました。

配列が全く同じものをデータベースから検索してくるのは簡単ですが、

一部違っているものをどのように判定するのか。

簡単なようで難しい問題です。

タンパク質では20種類のアミノ酸の置換をPAMという単位で変換確率を数値化しています。

それに加えて数残基のアミノ酸のブロック単位で検索することで高速計算が可能になります。

よく使われているBLASTプログラムは上記に挙げた方法で高速配列検索を行なっています。

先週の優秀川柳は以下の５句です。

3-merで 魚連想 私だけ？

BLASTは 配列探しの 出会い系

アミノ酸 人と同じで ギャップあり

解析で 進化の旅へ いざ行かん

図を描けば アラインメント 分かるはず

来週も楽しみにしています。